裴寂主动请缨，要求率军征讨，被任命为晋州道行军总管，还得到便宜行事的特权。
因宋金刚据城抵御，遂驻军度索原，当时唐军营地缺水，山涧水路又被敌军掘断。
裴寂只好移营，以寻求水源，宋金刚却趁机出兵，唐军大败，死伤惨重。
裴寂疾驰一昼夜，方才逃回晋州，而晋州以东的城镇则全部丢失，宋金刚又进逼绛州，裴寂只得上表请罪。
唐高祖下诏慰谕，又让他镇抚河东。
宋金刚攻陷浍州，军威大振，裴寂生性怯懦，没有将帅之才，缺乏扞御之策，只是命虞泰二州百姓进入城堡，又将他们的积蓄焚毁，结果却使百姓不安，人心思乱。
夏县百姓吕崇茂趁机叛乱，杀死县令，响应刘武周，还将前来征讨的裴寂击败。
不久，唐高祖将裴寂召回朝中，指责道：“起兵初期，你有辅佐之功，官爵已到极点。
此番抵御刘武周，兵力足以破敌，却败亡至此，难道你就不感到有愧吗？”
将他下狱，但不久便将他释放，对他更加优宠，此后，唐高祖每逢出巡，都要命裴寂留守长安。
麟州刺史韦云起告发裴寂谋反，唐高祖命有司调查，但却查无实据，他抚慰裴寂道：“朕能取得天下，本就是您所促成的，您又岂会怀有贰心。
朕之所以将您交付吏议，是想让天下之人相信您不会谋反。”
他还命三位贵妃携带美食宝器，到裴寂家中饮宴，至次日方回，以示恩宠。
后来，唐高祖改铸钱币，又赐裴寂自行铸钱的特权，并特聘娶其女儿为赵王李元景之妃。
唐高祖擢升裴寂为尚书左仆射，并在含章殿赐宴，裴寂趁机请求道：“当初起兵太原，臣曾与陛下约好，天下平定之后准臣辞职归田，如今四海太平，请陛下准臣退休。”
唐高祖极力挽留，泪下沾襟，表示要与裴寂相偕终老，册拜裴寂为司空，赐实封五百户，命尚书员外郎每日到他府中值守。
李世民继位，裴寂的食邑被加至一千五百户。
唐太宗到南郊祭祀，命裴寂与长孙无忌同乘御辇，裴寂推辞，唐太宗道：“您有佐命之勋，无忌也效力于我，能够和我同乘一车的，除了你们二人还有谁呢？”
于是同车而回。
僧人法雅因妖言获罪，裴寂也受到牵连，唐太宗免去裴寂的官职，削去他一半的食邑，让他返回故里。
裴寂请求留居长安，唐太宗斥责道：“你的功劳、才学，都不足以拥有如今的地位，只是由于太上皇对你的恩宠，才位居第一。
武德年间，政法方面纰漏谬误极多，地方官吏施政紊乱，你对此也应担负责任！
我念及旧情，不对你施以极刑，让你回归故里，你还有什么不满意的？”
裴寂只得返回蒲州。
当时，狂人信行客居汾阴，常对裴寂的家僮道：“裴公有天分。”
信行死后，家奴恭命将此事告诉裴寂，裴寂大惊，不敢奏明皇帝，暗中命恭命将知情的家僮杀死，恭命却背着裴寂，将家僮放走。
后来，恭命因贪赃被裴寂追捕，遂向朝廷告发裴寂。
唐太宗大怒，对侍臣道：“裴寂犯了四条死罪：第一，官居三公却结交妖人；第二，事发之后，愤称国家之兴是其所谋；第三，妖人称其有天分，却匿而不奏；第四，杀人灭口。”
最终将他流放静州。
后来，静州山羌作乱，有传言认为乱军已劫持裴寂为主，唐太宗对此丝毫不信，道：“国家对裴寂有性命之恩，裴寂定不会如此。”
不久，果有裴寂率家僮破贼的奏报传来，他思及裴寂佐命之功，便召其回朝，但这时裴寂却已病逝，终年六十岁，后被追赠为相州刺史、工部尚书、魏国公。
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